提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
两会前奏|海南:压实责任、筑牢防线,全力营造风清气正换届环境******
海南省七届人大一次会议、省政协八届一次会议将在海口开幕。这是新一届人大代表、政协委员首次参会履职。更为公众关注的是,省两会期间,将选举出新一届省人大政府政协领导班子。
“省委高度重视省人大政府政协换届正风肃纪工作,坚持把严肃换届纪律和会风会纪监督作为贯彻落实党的二十大精神的重要内容和具体实践,以‘零容忍’的态度正风肃纪,全力营造风清气正的换届环境。”省人大政府政协领导班子换届纪律监督工作组(以下简称换届纪律监督工作组)相关负责人介绍,去年9月,省纪委监委便会同省委组织部围绕换届工作筹备和省两会召开前、正式会议等3个阶段,早谋划、早部署,明确了20项主要任务措施,逐项有序落实。
去年10月,《海南省人大、政府、政协领导班子换届正风肃纪工作方案》《关于严肃换届纪律确保换届风清气正的通知》正式印发,压紧压实各级党委(党组)主体责任,进一步严明纪律规矩,引导党员领导干部筑牢思想防线。10月24日,省纪委监委牵头成立换届纪律监督工作组,确保责任到人到岗,形成坚强合力。
在新一届省人大代表选举及政协委员提名推荐过程中,换届纪律监督工作组对拟作为七届省人大代表、八届省政协委员、全国人大代表、全国政协委员和省人大政府政协换届提名的人选,严格执行“凡提四必”和廉政意见“双签字”、代表委员资格联审等制度,严把政治关、品行关、能力关、作风关、廉洁关,加快对相关问题线索的处置、研判,防止“带病提名”。
据悉,自去年9月以来,省纪委监委累计回复党风廉政意见14批629人次,提出暂缓或不宜提名建议27人次。
选举出新一届省人大政府政协领导班子是今年省两会的重要任务。省纪委监委于近日制定省两会纪律监督工作方案,成立综合协调、监督检查、信访举报、问题线索核查等4个工作组,安排80多名干部,重点针对两会期间换届纪律和会风会纪开展监督,并加强与省人大机关、省政协机关、省委组织部等单位的紧密联系和协调联动,确保大会期间纪律监督工作有条不紊推进。
“省两会开幕前,我们会给所有代表、委员及相关工作人员发送严肃换届纪律提醒短信。各代表团(小组)第一次召开会议时,该代表团(小组)党员负责人会重点强调换届纪律。代表、委员需签订《严守换届纪律承诺书》。同时,我们还将组织参会人员观看教育警示片。会议期间,在每个代表团(小组)设置纪律监督员,全程参与代表团(小组)会议,发现苗头性、倾向性问题第一时间汇报处置。”换届纪律监督工作组相关负责人说,省两会期间,如发现涉及违反换届纪律和会风会纪的问题线索,将坚持“零容忍”,做到发现一起、查处一起、通报一起,形成震慑。
自去年10月以来,换届纪律监督工作组指派专人24小时值守“12380”“12388”举报热线,做到全天候受理。省两会期间该举报热线也将继续由专人值守,确保群众问题反映渠道全时畅通。
(海南日报海口1月9日讯)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)